ไส้ขนมครก ที่นิยมรับประทานกัน ได้แก่

ไส้ถั่วดำ เป็นไส้ขนมครกยอดนิยม นิยมใช้ถั่วดำกวนกับน้ำตาลทรายและเกลือจนเหนียว

ไส้เผือก เป็นไส้ขนมครกอีกชนิดหนึ่งที่ได้รับความนิยม นิยมใช้เผือกนึ่งบดกับน้ำตาลทรายและเกลือจนเนียน

ไส้ข้าวโพด เป็นไส้ขนมครกที่มีรสชาติหวานมัน นิยมใช้ข้าวโพดหวานบดกับน้ำตาลทรายและเกลือจนเนียน

ไส้กุ้ง เป็นไส้ขนมครกที่มีรสชาติเค็มมัน นิยมใช้กุ้งสับผัดกับกระเทียมและพริกไทยจนสุก

ไส้หมูสับ เป็นไส้ขนมครกที่มีรสชาติกลมกล่อม นิยมใช้หมูสับผัดกับกระเทียมและพริกไทยจนสุก

นอกจากไส้ขนมครกยอดนิยมที่กล่าวมาแล้ว ยังมีไส้ขนมครกอื่นๆ อีกมากมาย เช่น ไส้ไข่เค็ม ไส้ถั่วเขียว ไส้ฝอยทอง ไส้ทุเรียน ไส้ช็อกโกแลต สามารถเลือกไส้ขนมครกได้ตามชอบ